Oznaki chorób zakaźnych odnajdowane są w szczątkach organizmów sprzed wielu milionów lat. Towarzyszyły one życiu od samych jego początków i charakteryzują całą konstrukcję funkcjonowania organizmów między sobą. Wojna organizmów mniej rozwiniętych z tymi bardziej zaawansowanymi trwa od zawsze. Istnieją niezwykle wczesne odkrycia archeologiczne próchnicy na zębach prehistorycznych ryb głębinowych. Największy jednak rozwój chorób zakaźnych przypada na epokę neolitu i wiąże się z rozpowszechnieniem osiadłego trybu życia ludzi, rozwojem hodowli zwierząt oraz rolnictwa. Charakterystykę niektórych chorób zakaźnych znajdujemy już w tekstach starochińskich i starogreckich. Już wtedy rozważano różne metody leczenia oraz profilaktyki chorób, w tym niektóre słuszne, takie jak izolacja chorych czy próba wykorzystania roślin o charakterze aseptycznym czyli bakteriobójczym. Przełomem w historii medycyny chorób zakaźnych było odkrycie holenderskiego uczonego, Antoniego van Leeuwenhoeka bakterii oraz powiązanie ich istnienia z rozwojem niektórych zakażeń. W ten sposób udało mu się obalić popularną do tamtego momentu teorię samorództwa, dotychczas wyczerpująco wyjaśniającą przyczyny występowania i rozwoju większości chorób. Dopiero pod koniec XVIII w. w Europie pojawiła się pierwsza szczepionka, znana wcześniej już od kilku stuleci w Chinach.